薄層色譜法的應用范圍大大超過了紙色譜法，主要是由于其展速快、靈敏度及分辨率較高，顯色劑選擇性大，以及制備薄層的載量較大。有一個階段薄層色譜法被認為只是一種定性和半定量的方法，因為薄層色譜法在儀器自動化程度、分辨率及重現(xiàn)性等方面不如氣相色譜法及液相色譜法。但是薄層色譜法有以下特點：對被分離物質(zhì)的性質(zhì)沒有限制，使用范圍較廣；固定相使用一次，故樣品預處理比較簡單；平面薄層具有多路柱效應，可同時進行多個樣品的分離，所以樣品分析的時間短；優(yōu)化展開劑的組成非常方便；不受一種檢測器的限制，在同一色譜上可根據(jù)被分離化合物的性質(zhì)選擇多種檢測方法進行定性或定量，并且可以重復測定；得到一個典型色譜圖時，可以掃描或彩色攝影*保存；當吸附劑化、定量分析儀器化、自動化后，提高了薄層色譜的分辨率及重現(xiàn)性。因此氣相色譜法和液相色譜法不能代替薄層色譜法。在實際工作中薄層色譜法仍是被廣泛應用的一種方法，每年數(shù)以千計的平面色譜應用文獻中，主要是有關薄層色譜法的內(nèi)容。在應用中根據(jù)粗略統(tǒng)計，醫(yī)藥方面約占30%，臨床、生化等約占25%，環(huán)境化學約占15%，食品、農(nóng)業(yè)約占10%，無機及金屬有機化合物約占5%，其他方面約占15%，所解決的問題也是方方面面的。